Le Manchot Empereur est actuellement classé comme Préoccupation Mineure, avec des populations stables et même en augmentation dans certaines régions. Cependant, ils restent vulnérables au changement climatique et aux changements dans leur écosystème marin, ce qui peut affecter leur approvisionnement alimentaire. Les efforts de conservation se concentrent sur la protection de leur habitat naturel et la compréhension de l'impact des changements environnementaux sur leurs populations.