Gelbaugenpinguine sind für ihre einzelgängerische Natur bekannt und weniger sozial als andere Pinguinarten. Sie nisten bevorzugt in dichter Vegetation, weit entfernt von anderen, und sind scheu gegenüber Menschen. Diese Pinguine verbringen den Großteil des Tages auf See, wo sie Fische und Tintenfische jagen, und kehren abends zu ihren Nestern zurück.